У грудні 1903 року Сполучені Штати орендували 45 квадратних миль суші і води під вугільну базу. Договір оренди був продовжений в 1934 році. За умовами договору оренда обходилася в 2.000 доларів в золотій валюті щорічно, що сьогодні становить 4.085 доларів; Кубі і її торговельних партнерів надавався вільний доступ через води затоки. Договір оренди може бути розірваний тільки за обопільною згодою сторін.
Дипломатичні відносини з Кубою були зіпсовані 3 січня 1961 року президентом Двейном Ейзенхауером; незадовго до інавгурації Джона Ф. Кеннеді в січні 1961 року. У той час багато кубинців шукали притулку на базі. Американські морські піхотинці і кубинське ополчення почали патрулювати територію навколо бази на відстані 17,4 миль. Цілодобові пости спостереження працюють досі.
У жовтні 1962 року члени сімей службовців і більшість працівників бази були евакуйовані в Сполучені Штати, так як президент Джон Кеннеді оголосив про знаходження радянських ракет на Кубі. Це послужило початком Кубинської Ракетного Кризи, який привів до військово-морської ізоляції Куби до тих пір, поки Радянський Союз не прибере свої ракети. Евакуйованим дозволено було повернутися на базу тільки до Різдва 1962 року.
Ще один криза виникла через 14 місяців, 6 лютого 1964 року народження, коли Кастро перекрив постачання води і продуктів харчування на базу. Тиснява виникла урядом США, оштрафував кубинців за риболовлю в територіальних водах Флориди. Після цього інциденту військова база Гуантанамо перейшла на самозабезпечення: опреснительная установка виробляє 3.4 мільйона галонів води і більш 800.000 кіловат електрики щодня.
База розділена на дві чіткі області шириною 2 -1.2 миль. На підвітряного стороні розташований аеродром, а на вітряної сторони — опорний пункт. Пересування через затоку здійснюється на поромі. Основне завдання бази Гуантанамо полягає в тому, щоб служити стратегічно важливою базою для матеріально-технічного забезпечення Атлантичного флоту і надання підтримки по боротьбі з наркотиками в Карибському регіоні.
У 1991 році, в зв’язку з великим потоком гаїтянських біженців (близько 34 000 чоловік), коло завдань бази розширився. Біженці покинули територію Гаїті після державного перевороту, викликаного соціальними і політичними заворушеннями в країні. База Гуантанамо була удостоєна Похвальною подяки флотської частини і Єдиної нагороди військової частини за допомогу біженцям.
У травні 1994 року почалася операція «Морський сигнал», і База Гуантанамо стала частиною Об’єднаної Угрупування Військ 160, забезпечуючи тисячі гаїтянських і кубинських мігрантів гуманітарною допомогою. В кінці серпня — початку вересня 1994 року зі Бази були евакуйовані 2 200 цивільних осіб і співробітників бази, оскільки кількість мігрантів перевищило 45 000 чоловік. Пентагон почав підготовку для прийому ще близько 60 000 чоловік. Останні мігранти з Гаїті покинув Базу 1 листопада 1995 року, а 31 січня 1996 року Базу покинув останній кубинський мігрант. У жовтні 1995 року членам сімей співробітників бази Гуантанамо дозволено було повернутися. Негайно почалася відбудова цивільних об’єктів, таких як: центр розвитку дитини, молодіжний центр, дві школи і недільна школа. Додатково були побудовані скаутські табори, молодіжний центр затоки Гуантанамо (безкоштовна спортивна дитяча база).
Під час операції «Морський сигнал» в затоці Гуантанамо, табори мігрантів були розбиті в південній частині, в зоні дії радіомаяків. Пізніше ця частина бази стала місцем постійного утримання осіб, які перебувають під арештом.
Для ідентифікації таборів, кожному було присвоєно кодове ім’я, відповідне фонетичному алфавітом офіційної військової «радіо» зв’язку (Табір Alpha, Табір Bravo, Табір Golf). Коли на північній частині бази були облаштовані додаткові місця для таборів мігрантів, їм стали давати назви, що починаються з кінця алфавіту, наприклад, Табір X-Ray. Саме цей табір, єдиний з північного боку бази, став місцем тимчасового ув’язнення.
База Гуантанамо брала участь ще в двох операціях, пов’язаних з мігрантами: в операції «Marathon», що пройшла в жовтні 1996 року і «Present Haven» в лютому 1997 року. Обидві ці операції зводилися до перехоплення китайських мігрантів, контрабандою переправлялися в США.
Після 52 років служби Навчальний загін військово-морського флоту Гуантанамо в липні 1995 року перейшов під управління Майпорт, Флорида. Через місяць, морська база втратила ще однієї головної орендованій команди: після 92 років служби була скасована Берегова Діяльність Обслуговування Проміжного ланки бази.
У червні 2003 року компанія Brown & Root, підрозділи Kellogg Brown & Root Арлінгтон (штат Вірджинія) уклала змінений контракт на суму 12.495.601 доларів замість початкового прохання №0038 на умовах підряду з оплатою фактичних витрат, без обумовлених термінів і обсягів послуг, що надаються для будівництва американської військово-морської бази в затоці Гуантанамо. Робота передбачає встановлення нового обладнання на контрольно-пропускні пункти регулювання руху (головні і другорядні пункти), засобів для розміщення солдатів, закупівлю столового приладдя та удосконалення системи захисту місць ув’язнення від погодних явищ. В умови контракту також входило удосконалення систем опалення, вентиляції та кондиціонування, установка сучасної водопровідно-каналізаційної та електричної мережі, що відповідає всім вимогам. Роботи будуть проводитися на базі Гуантанамо, Куба, можливий термін завершення — червень 2004 року. Фонди контракту не закінчаться до закінчення поточного фінансового року. Основний контракт був змагально забезпечений 44 іншими пропозиціями і підписано 29 червня 2000 року. Підсумкова сума за контрактом не повинна перевищити 300.000.000 доларів. Контракт підписаний з Військово-морської Командою Розробки Коштів, Атлантичне підрозділ, Норфолк (штат Вірджинія) (N62470-00-D-0005).
До складу військово-морської бази, як окремі підрозділи, входять: військово-морський госпіталь, відділення стоматологічної клініки, атлантична метеорологічна і океанографічна частини, військово-морські ЗМІ, військово-морські комунікаційні станції, відділення міністерства оборони. Безпосередню підтримку базі, як частини військово-морської станції, надають: служба розслідування кримінальних злочинів ВМС США, центр сімейної підтримки, Червоний Хрест і ін.
База Гуантанамо, розташована на південно-східному узбережжі острова Куби приблизно в 500 милях на південний схід від Маямі, Флорида, оточена з північної сторони протокою Гуантанамо і на півдні — Карибським морем. Залив Гуантанамо є найбільшим на всьому південному узбережжі Куби і може надати стоянку для кораблів з глибоким осіданням. Залив представляє собою 12 мильне поглиблення у формі кишені, шириною близько 6 миль. Долина Гуантанамо — горбиста область, що тягнеться уздовж Сьєрра-Маестра на захід. На півдні і сході затока оточений пагорбами Куско (висотою до 495 футів) і горами на півночі.
Вхід в затоку можливий тільки через невеликий канал, шириною 1-1.4 милі і глибиною 42 фути, на захід від Fisherman Point. Середня глибина каналу складає 32 футів.
Комплекс затоки розділений на зовнішню і внутрішню гавань. Внутрішня гавань тягнеться приблизно на 5 миль від входу в Naval Reservation Boundary. У Palma Point канал звужується до 250 ярдів, потім розділяється на два окремих затоки, шириною близько 5 миль кожен; верхній затоку, відомий як Енсенада де Жоа, являє собою внутрішню гавань, в якій розташовані торгові порти. Головна база і основна якірна стоянка знаходяться у внутрішній області гавані.
Військово-морський комплекс розташований на східній стороні гавані, між Fisherman Point (1-1.3 миль на північ від навітряного пункту) і Granadillo Point (2-3.4 миль). Ця територія складається з безлічі бухт, півостровів і островів. Велика частина суші знаходиться тут на досить великому рівні над водою. Західна частина затоки Гуантанамо перебуває ніжу рівня моря і покрита манговими деревами.
Найбільш значимі об’єкти, такі як пірс і причал морської бази, знаходяться в бухтах, розташованих між Corinaso Point і Deer Point. Поверхня там більш плоска, ніж в ста ярдів углиб острова. На території військово-морського комплексу розташовані два аеропорти: бездіяльний аеропорт МакКаллен Ерфілд в східній частині бухти і діючий військово-морської аеропорт в західній частині.
Глибина вод затоки варіюється від 60 футів відразу біля входу в гавань до 30 футів в затоці гранаділла (в східній стороні зовнішньої гавані) і в гирлі Орлиного каналу. Більшість бухт не більше 25 футів глибиною. Середній діапазон підйому води під час припливу становить близько одного фута, під час весняної повені вода піднімається до 1.3 футів. Періодично вода піднімається до позначки в 4-5 футів, але такий підйом, швидше за все, пов’язаний з різними метео або астрономічними явищами. Підйом води в затоці Гуантанамо досягає близько .25 kt під час припливу і .50 kt на час відпливу.
Періодично, в гирлі річки спостерігаються досить сильні течії. На відстані від входу в гавань до Fisherman Point ввечері і вночі можна сісти на рифи, висотою 3-5 футів. У квітні 1983 года, під час шторму в Мексиканській затоці, у зовнішній гавані висота хвиль сягала 10-12 футів; поромне сполучення з Leeward Point було неможливо протягом двох днів.
Зовнішня гавань затоки Гуантанамо використовується ВМС США, а внутрішня є комерційним кубинським портом. Зовнішня гавань включає в себе територію від входу в затоку Гуантанамо до Palma Point (приблизні координати 19 ° 58 ’24 «N). Головні військово-морські засоби обслуговування знаходяться в Бухті Corinaso від Corinaso Point до Radio Point. Там розташовані 5 пірсів, довгою 180 -900 футів і середньою глибиною від 20 до 35 футів; три причали, загальною площею близько 1 065 футів і глибиною 38 футів. Пірси і причали перебувають на висоті від 6 до 10 футів над рівнем моря. Потрібно зазначити, що глибина і ширина вздовж деяких пірсів можуть бути мінімальні (див. Пірс B), що ускладнює маневрування. Всі причали і якірні стоянки нанесені на карту портовими службовцями. У зовнішній гавані знаходяться причали для суден з глибокою осадкою. Присутність лоцмана на судах ВМФ США не обов’язково, але обов’язково на торгових судах . Портовий контроль надає буксири (зазвичай 2) та інші послуги. Екстрені послуги доступні цілодобово.
На початку 2005 року, на пагорбах Джона Пола Джонса, названих на честь героя війни за незалежність, запустили 4 білих вітротурбіни. Трилопатеві турбіни розташовані на висоті 80 метрів. За оцінками фахівців, ці турбіни виробляють чверть електроенергії в період сильних вітрів кінця літа-початку осені; затоку Гуантанамо є абсолютно автономним утворенням: виробляє власну воду і електроенергію, немає потреби звертатися до муніципальним службам Куби. Додатково до всього, використання турбін значно скоротило викиди парникових газів в атмосферу, що походять з-за використання дизельного палива. Чорні хмари, що складаються з вуглекислого газу, зазвичай виникають над дизельними генераторами, що виробляють енергію для енергетичної системи бази. Турбіни були побудовані з розрахунком витримувати пориви вітру до 140 миль на годину. Кожна турбіна надійно закріплена в гігантському блоці бетону, який за допомогою 22 якорів вмуровано в землю на глибину 30-40 футів.